Представления, предписания Счетной палаты Алтайского края, решения, действия (бездействие) Счетной палаты Алтайского края и ее должностных лиц могут быть обжалованы в судебном порядке.  
Порядок обжалования представлений и предписаний Счетной палаты Алтайского края, решений, действий (бездействия) Счетной палаты Алтайского края и ее должностных лиц регламентируется главами 22 и 24 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, главой 22 Кодекса административного судопроизводства Российской Федерации.
В соответствии с частью 2 статьи 17 закона Алтайского края от 10 октября 2011 года № 123-ЗС «О Счетной палате Алтайского края» проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться с жалобой на действия (бездействие) Счетной палаты Алтайского края в Алтайское краевое Законодательное Собрание.